HKBP Borneo Ressort Banjarmasin terbentuk pada Jumat, 18 Agustus 2006. Kebaktian (Ibadah) pertama dilaksanakan pada hari Minggu tanggal 03 September 2006 bertempat di Gedung Aula STT-GKE yang disepakati menjadi hari lahirnya HKBP Borneo. Pada tanggal 6 Januari 2008 tempat ibadah Jemaat HKBP Borneo pindah ke pusat pertokoan UFO Kayu Tangi Lantai II, dengan sewa gedung sebesar Rp. 2,000,000 untuk satu kali ibadah.
Pada ibadah Minggu tanggal 12 April 2009, diresmikan menjadi Jemaat Persiapan HKBP Borneo oleh Praeses HKBP Distrik XVII Indonesia Bagian Timur Pdt. Pasu Nainggolan, S. Th. Kemudian pada hari Minggu tanggal 20 Desember 2009 sampai 2018, Jemaat HKBP Borneo Kembali Mempergunaka Gedung Aula STT-GKE untuk melaksanakan ibadah dengan sewa sebesar Rp. 1.500.000,- per ibadah/kegiatan.
Seiring dengan berjalannya waktu tahun 2008, HKBP Borneo Banjarmasin membeli satu buah Gedung seluas ± 975 M2 di jalan Merpati Gatot Subroto RT. 27 No. 9A Banjarmasin, namun gedung tersebut tidak dapat dipergunakan sebagai tempat peribadatan karena adanya penolakan dari masyarakat sekitar, sehingga Gedung tersebut di jual. Pada tahun 2010 HKBP Borneo Membeli sebidang tanah dengan luas 817 M2 yang terletak di Jl. Bandarmasih Gang IV Kel. Belitung Selatan Kec. Banjarmasin Barat Kota Banjarmasin dan pada Tahun 2011 telah dibangun rumah dinas Pendeta sekaligus menjadi Sekretariat HKBP Borneo. Pada tahun 2015 HKBP Borneo juga membeli sebidang tanah dengan luas 2100 M2 yang terletak di Jl. Bandarmasih Gang IV Kel. Belitung Selatan Kec. Banjarmasin Barat Kota Banjarmasin atau tepat disamping tanah yang telah dimiliki HKBP Borneo sebelumnya. Pengadaan tanah tersebut dapat terlaksana atas berkat dari Tuhan dan partisipasi dari Bapk/Ibu, Saudara/i donateur serta para simpatisan. Setelah melalui proses panjang dan atas berkat kasih yang dari Tuhan Yesus Kristus warga sekitar Jl. Bandarmasih Gang IV Kel. Belitung Selatan Kec. Banjarmasin Barat Kota Banjarmasin setuju atas rencana pembangunan Gedung Gereja, Sehingga Panitia Pembangunan Gereja bekerja sama dengan Majelis dengan bersusah payah telah memenuhi persyaratan sebagaimana diatur dalam SKB 2 Menteri Nomor 9 tahun 2006 tentang pendirian Rumah Ibadah sbb: Tanggal 23 Maret 2017 terbit Rekomendasi FKBU Kota Banjarmasin Kepada Walikota Banjarmasin (Terlampir) bahwa HKBP Borneo telah memenuhi persyaratan sebagaimana diatur dalam SKB 2 Menteri Nomor 9 tahun 2006 tentang pendirian Rumah Ibadah. Tanggal 2 Juni 2017 terbit Rekomendasi Kemenag Kota Banjarmasin kepada Walikota Banjarmasin (Terlampir) bahwa HKBP Borneo telah memenuhi persyaratan sebagaimana diatur dalam SKB 2 Menteri Nomor 9 tahun 2006 tentang pendirian Rumah Ibadah; dan tanggal 1 Agustus 2017 Pemeritah Kota Banjarmasin menerbitkan IMB Gedung Gereja.
Setelah IMB Gereja terbit, maka Pembangunan Gereja kita mulai sejak hari Senin, 02 Oktober 2017 dengan kegiatan pemancangan galam yang dimulai dengan Ibadah bersama yang dipimpin oleh Pdt. HKBP Ressort Banjarmasin yakni Pdt. Bikwai Simanjuntak, M.Th dan Pimpinan Jemaat HKBP Borneo Pdt. Apriando Jonatan Rajagukguk, STh. Tanggal 10 Mei 2018, memasuki gereja dalam keadaan yang sederhana yang dihadiri seluruh jemaat HKBP Borneo dipimpin oleh Pendeta HKBP Ressort Banjarmasin, Pdt. Bikwai Simanjuntak, MTh dan Pimpinan Jemaat HKBP Borneo, Pdt. Apriando J. Rajagukguk, dan dihadiri oleh Walikota Banjarmasin yang diwakilkan Sekda Kota Banjarmasin.
Sumber : Website HKBP (hkbp.or.id)